vim で autoindent や smartindent を有効にした状態で、
クリップボードから複数行を貼り付けるとインデントがおかしくなることがあります。
この時、vim の実行モードをコマンドモードに変更して、a コマンドを使うと正しくペーストされます。
:a!
(貼り付け操作を行う)
貼り付けた後は、.(ピリオド)だけの行を入力して、Enterキーを叩けば貼り付けは完了です。
ちなみに、自動インデントを有効にするには、.vimrcに以下の設定を記述します。
set autoindent
set smartindent